第一章 Stone World The Beginning(13~45)
大树利用复活液溶掉残留在千空后颈的石壳,石化解除后连带治好了断颈,由于解除石化具有治疗效果,大树认为这个现象可以称为“Dr.Stone”。千空派大树和杠作为眼线监视司的阵营,而自己则是找到升起狼烟的少女琥珀并发现她的村落,企图建立“科学王国”与司对抗。千空用可乐策反了司派来的间谍浅雾幻,又借着狗尾草拉面拢络村民,让他们协力冶炼铁器、造出发电机并点亮电灯。他还制造出玻璃烧瓶并调制磺胺类药物,治好罹患肺炎的村中巫女琉璃,更当上石神村的新长老。
第二章 Stone Wars(46~83)
司持续复活青年并破坏老人石像,建起自己的帝国,他派出部下冰月攻打石神村,千空率领村民用火药和武士刀击退冰月,为了对抗即将再度袭来的司,千空等人着手制造无线电以提升通讯技术,他们发展出水力发电和蓄电池,研发探照灯后开采出钨和锰,制造出真空管、锌锰电池和酚醛树脂并组装成无线电,更开发了扬声器,得以播放百夜留藏在自己墓碑里的玻璃唱片,听取他的留言。