学校由两所分别隶属于原国家机械部和原国家电力部的国家示范性高工专——南京机械高等专科学校和南京电力高等专科学校于2000年合并组建而成。2001年，原隶属于国家核工业部的南京工业学校并入学院。现在南京工程学院已经发展成一所应用型本科高校。

拥有依托机械、电力、核工业等行业办学的优良传统。近五年来，每年90%以上的电力工程学院毕业生到各地电力公司和电力系统相关企业就业。